.............П.е.р.е.х.о.д.ы. * (начало)
  • СТФ
  • CCS
  • PIC MCU
  • DataBases
  • Soft
  • PHYSGR - графика для Паскаля
  • prikol'ы
  • .............................
    ...З.а.г.р.у.з.ы..
    * Delphi-small [2,57 MB]

    * Small djvu- viewer [1,6 MB]

    * miranda 0.3.3.1 [0.7 MB]

    -----------------------------

    ............................
    sciDAVis - free analog of Microcal ORIGIN!!! ............................

    -=-=- - - - - - - - - - - - - - - - - - -
    Переводчик онлайн
    с на

    __а_ўR¤зЁЄ R-< c-


    Музыка, исполненная с душой - сайт композитора Дмитрия Красноухова
      Персональний сайт композитора та журналіста Романа Коляди
    Whisperings Solo Piano Radio
     

    :)
    Ні другій державній російській мові!
    Розмістіть на своєму сайті!
    <img src="http://www.bioorganica.org.ua/no_ru_234x60_red.gif"
    alt="Ні другій державній російській мові!" border="0">


    MyCounter - Ваш счётчик
    Погода в Украине
    Киев
    rp5.ua

     
    Прогноз магнитных бурь для г. Киев

    ИЗМ им. Н.В.Пушкова РАН

     
    Обратная связь: Comments/questions/suggestions

    Who am I

    Hi! I'm Tymofii Nikolaienko, a PhD working in the field of biophysics at the Faculty of Physics of the Taras Shevchenko National University of Kyiv.

    My current scientific interests cover a wide range of electronic structure theory (quantum-chemical methods) and its application to biologically active molecules and non-covalent interactions. I'm working not only on theoretical developments, but also work on their implementation as a computer programs (e.g. JANPA).

    Earlier I was applying quantum chemical methods (mainly DFT) in my PhD project for an investigation of physical properties of the DNA structural units (canonical 2'-deoxyribonucleotides). An exhaustive conformational analysis had been performed for each molecule (i.e., automated structure generation, parallel computation management and statistical data analysis), and then its physical properties were studied (including intramolecular non-covalent interactions, vibrational spectra, atomic charges etc.).
    Now my efforts are also related to the hydrogen bonding investigation (strength/energy evaluation techniques etc.) and studying of molecular flexibility. I'm also intrigued with the problems of the DNA-drug interactions, basic physical mechanisms of drug action and related fields.

    Selected publications:

    1. T. Yu. Nikolaienko, E. S. Kryachko, G. A. Dolgonos. On the existence of He-He bond in the endohedral fullerene Не2@C60 // J. Comput. Chem. - 2017, DOI: 10.1002/jcc.25061

    2. T. Yu. Nikolaienko. Interaction of anticancer drug doxorubicin with sodium oleate bilayer: Insights from molecular dynamics simulations // Journal of Molecular Liquids. - 2017. - Vol. 235. - P. 31–43. DOI: 10.1016/j.molliq.2016.11.065
    3. T. Yu. Nikolaienko, L. A. Bulavin, D. M. Hovorun. Can we treat ab initio atomic charges and bond orders as conformation-independent electronic structure descriptors? // RSC Adv. - 2016. - Vol. 6. - P. 74785-74796. DOI: 10.1039/C6RA17055B
    4. Y.P. Yurenko, J. Novotny, T.Yu. Nikolaienko, R. Marek. Nucleotides containing variously modified sugars: energetics, structure, and mechanical properties // Phys. Chem. Chem. Phys. - 2016. - Vol. 18. - P. 1615-1628. DOI: 10.1039/C5CP05478H
    5. T. Yu. Nikolaienko, E. S. Kryachko. Formation of dimers of light noble atoms under encapsulation within fullerene’s voids // Nanoscale Research Letters. - 2015. - Vol. 10. - P. 185. DOI: 10.1186/s11671-015-0871-x
    6. T. M. Mukhina, T. Yu. Nikolaienko. The effect of chlorination of nucleotide bases on the conformational properties of thymidine monophosphate // Ukr. Biochem. J. - 2015. - Vol. 87, N 2. - P. 141 - 155.
    7. PDF
    8. T. Yu. Nikolaienko, L. A. Bulavin, D. M. Hovorun. JANPA: An open source cross-platform implementation of the Natural Population Analysis on the Java platform // Computational and Theoretical Chemistry. - 2014. - Vol.1050. - P. 15-22. DOI: 10.1016/j.comptc.2014.10.002
    9. А. І. Самцевич, Л. А. Булавін, Л. Ф. Суходуб, Т. Ю. Ніколаєнко. Взаємодія нуклеотидних основ ДНК із протипухлинним препаратом ТіоТЕФ: молекулярний докінг та квантово-механічний аналіз // Ukr. Biochem. J. - 2014. - Vol. 86, N 2. - C. 50 - 59
    10. T. Yu. Nikolaienko, L. A. Bulavin, L. F. Sukhodub. The Complexation of the Anticancer Drug ThioTEPA with Methylated DNA Base Guanine: Combined Ab Initio and QTAIM Investigation // Molecular Informatics - 2014. - Vol. 33, Issue 2. - P. 104 – 114, DOI: 10.1002/minf.201300059

    11. Т.Ю. Ніколаєнко, Л.А. Булавін, Д.М. Говорун. Ефективні атомні заряди канонічних 2'-дезоксирибонуклеотидів та їхня залежність від конформації // Український фізичний журнал. – 2012. – Т. 57, № 10 – С. 1024–1029.
      PDF (UA)
      English version: T.Yu. Nikolaienko, L.A. Bulavin, D.M. Hovorun Effective atomic charges of canonical 2'-deoxyribonucleotides and their conformational dependences // Ukr. J. Phys. - 2012. - Vol. 57. - P. 1024-1029. PDF (ENG)
    12. T. Yu Nikolaienko, L. A. Bulavin, D. M. Hovorun. Structural flexibility of DNA-like conformers of canonical 2'-deoxyribonucleosides // Phys. Chem. Chem. Phys. - 2012. - Vol. 14. - P. 15554-15561, DOI: 10.1039/C2CP43120C
      view at publisher's
    13. T. Yu Nikolaienko, L. A. Bulavin, D. M. Hovorun. Bridging QTAIM with vibrational spectroscopy: the energy of intramolecular hydrogen bonds in DNA-related biomolecules // Phys. Chem. Chem. Phys. - 2012. - Vol. 14. - P. 7441-7447, DOI: 10.1039/C2CP40176B
      view at publisher's pdf
    14. T. Yu. Nikolaienko, L. A. Bulavin, D. M. Hovorun. How Flexible are DNA Constituents? The Quantum-Mechanical Study // Journal of Biomolecular Structure & Dynamics. - 2011. - Vol. 29, Iss. 3. - P. 563 - 575.
      PDF (for limited presonal use only!)
    15. Т. Ю. Ніколаєнко, Л. А. Булавін, Д. М. Говорун. Структурна гнучкість ДНК-подібних конформерів канонічних 2'-дезоксирибонуклеотидів // Український біохімічний журнал. - 2011. - т. 83, № 5. - С. 48 - 58.
    16. PDF
    17. Т.Ю. Ніколаєнко, Л.А. Булавін, Д.М. Говорун. Структурні та енергетичні властивості молекули (3S,4R)-3,4,5-тригідроксипентаналу за даними квантово-механічних розрахунків // Ukrainica Bioorganica Acta. - 2011. - Том 9, № 1. - С. 3-11.
    18. PDF
    19. Т. Ю. Ніколаєнко, Л. А. Булавін, Д. М. Говорун. Конформаційна ємність молекули 5'-дезоксіаденілової кислоти: квантово-механічне дослідження методом функціоналу густини // Український біохімічний журнал. - 2011. - Том 83, №4. - С. 16 - 28.
    20. PDF
    21. Т. Ю. Николаенко, Л. А. Булавин, Д. Н. Говорун. Квантово-механическая интерпретация ИК спектра молекулы 2-дезокси-D-рибозы в области валентных колебаний OH-групп // Журнал прикладной спектроскопии. - 2011. - Том 78, №5. - С. 805-808.
      PDF (scanned), original: see http://elibrary.ru/item.asp?id=16566802
      T. Yu. Nikolaenko, L. A. Bulavin and D. N. Govorun. Quantum mechanical interpretation of the IR Spectrum of 2-deoxy-D-ribose in the oh group stretching vibration region // Journal of Applied Spectroscopy . - 2011. - Volume 78, Number 5, 751-754
      doi:10.1007/s10812-011-9528-4
    22. Т. Ю. Ніколаєнко, Л. А. Булавін, Д. М. Говорун. Квантово-механічне дослідження конформаційних можливостей молекули 5'-дезоксигуанілової кислоти // Biopolymers and Cell. - 2011. - Vol. 27. N 4. - P. 291 - 299.
    23. PDF
    24. Т.Ю.Ніколаєнко, Л.А.Булавін, Д.М.Говорун. Вичерпний квантово-механічний конформаційний аналіз молекули 2-дезокси-D-рибопіранози // Ukrainica Bioorganica Acta. – 2010. – т.8, № 2. – С. 8–16.
    25. PDF
    26. Л.А. Булавин, Т.Ю. Николаенко, Д.Н. Говорун. Определение энергии внутримолекулярных водородных связей O–H···O по распределению электронной плотности // Вісник СевНТУ. — Сер. Фізика біологічних систем і молекул. – 2011. – Вип. 113. – С. 41–45.
    27. PDF
    28. Т. Ю. Ніколаєнко, Л. А. Булавін, Д. М. Говорун, О. О. Мисюра. Конформаційне різноманіття і фізичні властивості 1,2-дидезоксирибофуранози-5-фосфату – модельної мономерної ланки ДНК // Український біохімічний журнал. - 2011. - том 83, №1. - С. 54 - 62.
    29. PDF PMID: 21800649
    30. Т. Ю. Ніколаєнко, Л. А. Булавін, Д. М. Говорун. Квантово-механічний конформаційний аналіз молекули 5'-тимідилової кислоти // Український біохімічний журнал. - 2010. - том 82, №6. - С. 76 - 86.
    31. PDF PMID: 21805865
    32. Ніколаєнко Т.Ю., Булавін Л.А., Говорун Д.М. Аналіз конформаційних можливостей молекули 2-дезокси-D-рибофуранози квантово-механічним методом функціоналу густини // Biopolymers and Cell. – 2011. – том 27, №1. – С. 74 – 81
      PDF Abstract
    33. Булавін Л.А., Говорун Д.М., Ніколаєнко Т.Ю. Внутрішньомолекулярні водневі зв’язки та специфічні контакти Ван дер Ваальса у молекулі 2'-дезоксицитидилової кислоти: аналіз топології електронної густини // Доповіді Національної академії наук України. – 2010. – №10. – С. 166—178.
      PDF
    34. Ніколаєнко Т.Ю., Войтешенко І. С., Булавін Л.А., Говорун Д.М. Визначення коефіцієнтів жорсткості для колективних ступенів вільності біологічних молекул // Вісник Київського університету. Серія: фізико-математичні науки, 2010. — №2. — С. 279 – 282
      PDF
    35. Ніколаєнко Т.Ю., Говорун Д.М. Квантово-механічний конформаційний аналіз молекули 2'-дезоксицитидилової кислоти – структурної ланки ДНК // Доповіді Національної академії наук України. – 2010. – №9. – С. 173 — 184.
      PDF
    36. Ніколаєнко Т.Ю., Булавін Л.А., Говорун Д.М. Структурна мінливість біологічних молекул, спричинена їхніми нормальними коливаннями // Доповіді Національної академії наук України. – 2010. – № 7. – С. 61-69.
      PDF
    37. Ніколаєнко Т.Ю., Булавін Л.А., Говорун Д.М. Структурно-динамічні особливості модельних цукрово-фосфатних залишків 3'-дезоксирибонуклеотидів // Доповіді Національної академії наук України. – 2009. – №12. – С. 75– 82.
      PDF
    38. Булавін Л.А., Ніколаєнко Т.Ю., Говорун Д.М. Структурна нежорсткість молекули ортофосфорної кислоти: неемпіричне квантово-механічне дослідження // Доповіді Національної академії наук України. – 2009. – №10. – С. 80 – 87.
      PDF
    39. Л.А.Булавин, Т.Ю.Николаенко. Такое разнообразное жидкое состояние // Страна Знаний. — 2010. — №2. — С. 23 — 27.
      PDF
    40. Д.В. Соловйов, Л.А. Булавін, В.І. Горделій, Ю.Є. Горшкова, О.І. Іваньков, Ю.С. Ковальов, А.І. Куклін, Т.Ю. Ніколаєнко. Нейтронні дослідження баричної залежності структури ліпідного бішару // Ядерна фізика та енергетика. - 2012. - Т. 13, №1. - С. 83-88
      PDF
    41. E. S. Kryachko, T. Y. Nikolaienko. He2@C60: Thoughts of the concept of a molecule and of the concept of a bond in quantum chemistry // Int. J. Quantum Chem. - 2015. - Vol. 115. - P. 859–867. DOI: 10.1002/qua.24916

    42. E.S.K. faithfully dedicated this paper to Erkki Brandas on the occasion of his 75th birthday.
    43. Булавин Л.А., Актан О.Ю., Забашта Ю.Ф., Николаенко Т.Ю., Шейко Н.Л. Применение метода крутильных колебаний для изучения переходов между жидким и твердым агрегатными состояниями вещества // Письма в ЖТФ. – 2010. – Том 36, вып. 6. – С. 66–72.
    44. Шейко Н.Л., Актан О.Ю., Забашта Ю.Ф., Ніколаєнко Т.Ю. Зсувна пружність льоду в околі температури плавлення // Український фізичний журнал. – 2010. –Том 55, №3. – с. 300 – 306.
      Sheiko N.L., Aktan O. YU., Zabashta YU.F., NIKOLAYENKO T.YU. Sear elasticity of ice near its melting point // Ukr. J. Phys. – 2010. – Vol. 55, No. 3. – P. 299 – 305.
    45. Л.А. Булавiн, Н.Л. Шейко, Ю.Ф. Забашта, Т.Ю. Нiколаєнко. Вплив домiшок на пружнi властивостi льоду в околi точки плавлення // Український фізичний журнал. – 2010. –Том 55, №9. – с. 1049 – 1052.
      Bulavin L.A., Sheiko N.L., Zabashta Yu.F., Nikolayenko T.Yu. Effects of Impurities on Elastic Properties of Ice near the Melting Point // Ukr. J. Phys. – 2010. – Vol. 55, No. 9. – P. 1045 – 1048.

    Contact me:

    Social networks: E-mail: timmailukr.net

    More information

    Career & Education:

    Skills:

    • Strong background in physics (PhD since 2012) and mathematics
    • Experienced scientific software developer (Java, Python, Object Pascal/Delphi, C for PIC microcontrollers, JavaScript) and development tools user (GCC, LaTeX, *nix shell)
    • Radioelectronics engineering
    • Computer simulation software advanced user (Gaussian, Orca, NwChem, CFour, Psi4)
    • Teaching/lecturing abilities
    • Technical English (B2)

    Awards:

    • Annual prize of the President of Ukraine for young scientists (2013)
    • Ukrainian Government scholarship recepient (2010-2012)
    • Mykhailo Biliy medal (2009)
    • Victor Pinchuk Foundation scholarship recepient (2008-2009)

    Software development activity:

  • the JANPA project home page
  • see alsoComputational Chemistry Software subpage
  • Trainings/Schools/Seminars:

    • The Summer School on 'European RTDI policies, instruments and participation possibilities' (September 15-18, 2014, Kyiv, Ukraine) in the framework of BILAT-UKR*AINA project
    • The 'SHAD' school on data analysis run by Yandex (September 2014 - June 2016)

    Boards:


    Find me in Scopus: Author ID = 37017559900